FPがお多い方が良いのか、それともFNが多い方が良いのか？

多すぎるFPがいいのか？それとも多すぎるFNが良いのか？

解決しようとしているドメインによります。

医療統計の分野では、FNは実際は存在するはずが、病気が存在しないと医師や患者へ間違って安心させるメッセージを提供するでしょう。
このことは、時に、患者と病気両方への適切ではない、または不十分な処置へ導いてしまいます。
このため、この場合には多くのFPが望まれます。

スパムフィルタリングの例を取ると、FPは、スパムフィルタリングやスパムブロックの技術が、間違って正当なメールをスパムとして分類する場合に発生します。
その結果、配信の障害を引き起こすことになります。

ほとんどのアンチスパムの戦術は不要なメールを高い確率でブロックしたりフィルターしたりすることが出来ますが、
重大なFPを発生させないことがより大きな要求となります。
このため、この場合には、FPよりもFNの方が良いということになります。